乳児の全ゲノム解析は実行可能で有用

Rapid Whole-Genomic Sequencing and a Targeted Neonatal Gene Panel in Infants With a Suspected Genetic Disorder

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背景

乳幼児の遺伝子疾患の診断方法として、全ゲノム解析（WGS）は疾患遺伝子パネル検査に勝るか。
アメリカWomen and Infants Hospital of Rhode IslandのMaronらは、1歳未満で遺伝子疾患疑いのある入院乳児400名を対象として、これを検討する多施設前向研究を行った。一次エンドポイントは、分子診断の収率、診断までの時間、臨床的有用性である。

結論

全体の51%で遺伝子バリアントが特定された。WGSでは49%、パネル検査では27%が特定され、WGSでの164バリアントおよびパネル検査での19バリアントは、各手法のみで特定された。パネル検査では、1kbを超える49の構造変異や48のパネル外遺伝子が特定できず、WGSでは、解釈の差で14バリアントが見落とされた。診断に要した時間の中央値は、WGSで6.1日、パネル検査で4.2日だった。WGSは19%の患者で治療インパクトがあり、臨床医の76%が意思決定に有用と考えた。

評価

注目のNewborn genomic sequencing（NBSeq）構想で、Harvardグループの検討結果（https://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297(23)00164-7）と軌を一にして実行可能性・有用性を示すこととなった。倫理問題とコスト問題がさらなる検討課題である。